工程保函是工程项目中一种常见的担保方式，但它的缺点之一就是费用较高。保证公司为提供保函服务会收取一定的手续费，而且这笔费用通常会根据保函金额进行计算。对于大型工程项目来说，保函金额往往较高，因此相关费用也相应增加，给项目投资者带来一定的负担。
工程保函的另一个缺点是它会限制企业的流动资金。在申请保函时，保证公司通常要求企业提供一定比例的保证金作为担保。这意味着企业需要将一部分资金冻结，无法自由支配。当企业遇到紧急的资金需求或其他重要的资本运作时，这些被冻结的资金无法提供支持，给企业运营带来一定的不便和困扰。
工程保函的内容一旦签署后基本上是不可更改的，这也是其一个缺点。如果在工程实施过程中因为某些原因需要对保函条款进行修改或调整，双方往往会面临一定的困难。保证公司通常更倾向于保持原有的条款和条件，而不愿意作出修改。这给项目管理和执行带来了一定的风险，并且可能导致合同纠纷等问题。
虽然工程保函是提高项目投资者信心的重要手段之一，但它对企业的信用评级也会产生一定的影响。保函金额以及相应的保费和保证金都会反映在企业的财务报表中，这可能使得企业的财务状况看起来不太健康。同时，如果企业频繁地申请保函，也会被认为是信用风险较高的表现，可能降低其信用评级，对企业未来的融资和合作带来一定的困扰。
当工程项目结束或相关合同终止时，需要解除工程保函。然而，保函解除的程序通常比较复杂，需要双方进行协商和办理一系列手续，如提供相关证明文件、履行解保义务等。如果双方之间存在纠纷或合作关系紧张，保函的解除可能会变得更加困难，需要花费较长时间和精力。
尽管工程保函在工程项目中起到了一定的保证作用，但是也存在着一些缺点。高费用、限制流动资金、不可更改性、影响信用评级以及保函解除的复杂程序等问题都需要企业在使用工程保函时予以注意。为了更好地管理风险和确保项目顺利进行，企业应权衡各种担保方式的利弊，并选择最适合自身情况的保证方式。
