招标保函是招标文件的一部分，作为投标人提供给招标人的招标保证金的替代方式。在企业进行招标时，通常需要提交一定金额的招标保证金作为参与招标的准入条件。
而招标保函专票则是指招标保函上开具的发票。根据《中华人民共和国国家税收总局关于增值税专用发票管理问题的通知》第11条的规定，招标保函专用发票是对所缴纳的招标保证金开具的专票。
对于企业来说，能否将招标保函专票进行抵扣是一个常见的问题。在这里，我们需要先了解一下增值税专用发票的抵扣规定。
按照《财政部 国家税务总局关于增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2018〕199号）的规定，纳税人可以抵扣其取得的与其应税销售额或者第三方代垫增值税税款相当的进项税额。
换言之，只有购买、生产或者委托加工应税货物、劳务，以及交纳的税金都是用于销售应税货物、劳务或经营纳税的，才能进行抵扣。
而招标保函专票开具的是对招标保证金的发票，属于与企业应税销售额无关的费用。根据相关规定，招标保函专票不能直接抵扣所缴纳的增值税税额。
需要说明的是，虽然招标保函专票不能直接抵扣，但企业还是有部分方式可以间接实现抵扣效果。一种方式是通过将招标保证金纳入成本，在计算企业的应税销售额时进行相应调整，从而影响应税销售额和进项税额之间的差额。
此外，在企业申请退回招标保证金时，可以根据增值税法第六十五条的规定，向国家税务机关申请返还所缴纳的招标保证金相当于增值税税额的金额，从而实现间接抵扣的效果。
综上所述，招标保函专票不能直接抵扣增值税税额，它属于与企业应税销售额无关的费用。但企业可以通过调整成本和申请返还招标保证金的方式，间接实现抵扣效果。
