工程履约保函担保公司是一种提供担保服务的专业公司，其合法性是受到相关法律法规支持的。
首先，工程履约保函担保公司在运营过程中需要注册成为一家合法企业，并且要按照国家有关部门的规定进行备案和许可。这些步骤都是经过法律程序，并依法设立的，意味着该类型公司具备了合法运营的资格。
其次，工程履约保函担保公司提供的担保服务也是在法律框架内进行的。我国《担保法》等相关法律对担保行为做出了明确规定，其中包括工程履约保函担保的相关内容。这些规定保证了担保行为的合法性和有效性，为工程履约保函担保公司的工作提供了法律基础。
再者，工程履约保函担保公司在提供担保服务时需要签订合同，并承担相应的责任。根据合同法和相关司法解释，合同是当事人之间互相产生权利义务关系的自愿协议，具有法律效力。因此，工程履约保函担保公司与工程业主签订的保函履约合同是合法有效的，具备担保责任。
但需要注意的是，虽然工程履约保函担保公司是合法的，但在选择合作伙伴时仍需慎重考虑。业主在选择合适的工程履约保函担保公司时，应仔细了解其背景和信誉，并查阅相关资质证书等信息。只有选择正规、合法、有信誉的公司，才能更好地保障自身权益。
综上所述，工程履约保函担保公司是合法的。其依法设立、按照法律规定提供担保服务，并签订合同承担相应责任。然而，在选择合作伙伴时要谨慎，以确保自身权益不受损害。
