一般来说，银行保函需要支付一定的费用，这可能对企业经营造成一定的负担。与传统的担保方式相比，由于银行保函涉及到银行的信用背书，手续较为繁琐，因此收费标准较高。
当企业需要使用保函提供的担保时，往往需要回到银行进行核实和解押等手续。这个过程可能会耗费较长时间，并且可能存在审核不通过的风险，导致企业在紧急情况下无法及时获取资金。
银行保函作为一种担保方式，通常需要企业提供一定的信息和披露财务状况等，以便银行进行信用评估。如果企业在以后的业务交流中频繁使用保函，可能会让其他合作方对企业的信用产生疑虑，从而影响业务合作。
在一些特殊的业务交易中，银行可能要求企业提供额外的担保物，例如固定资产或者抵押物等。这给企业增加了财务压力和风险，同时也增加了办理保函的难度。
银行在为企业提供保函时，会根据企业的信用状况和资金实力来设定相应的信用额度。如果企业在使用过程中突然需要较大规模的担保金额，可能超出了银行设定的额度范围，无法满足企业的需求。
由于银行风控政策和内部审批流程的限制，对于中小企业来说，获取银行保函的审批过程相对较为严格和繁琐。这可能导致一些中小企业在急需担保时无法得到银行的支持。
银行保函作为一种担保方式，适用范围并不是非常广泛。对于某些特定的业务交易，例如土地出让等，银行保函可能无法提供合适的担保方案，需要寻求其他担保方式。
