投标保证金，也被称为竞标保证金或保证金，是指在进行招标投标过程中投标人需要支付给招标人的一定金额作为保障其履行合同的承诺。投标保证金的目的是确保投标人认真对待投标及履行中标后的合同，并提供一定的经济支持。
银行保函，是指银行根据法律规定或委托关系所做出的、可以以其信誉为基础直接支付给收益人的保证结算工具。在投标保证金方面，银行可出具保函作为担保手段，向招标人表明投标人已经与银行达成的某种合法约定，若投标人未能履行合同义务，则银行将支付相应的赔偿金额给招标人。
首先，投标保证金是投标人自己支付给招标人，而银行保函则是由银行提供的担保。其次，投标保证金涉及到现金的支付和冻结，而银行保函则是通过信用方式进行担保。再次，投标保证金是在中标后进行解冻退还的，而银行保函在合同履行期间起到担保作用，直到合同完全履行或达到约定条件。
在选择是否使用投标保证金或银行保函时，需要考虑多方面因素。首先是风险控制方面，投标保证金更直接，但涉及到资金的支付和操作流程，要谨慎对待。银行保函具有银行信用担保的优势，但需要与银行进行一定的沟通和手续办理。其次是成本方面，投标保证金会直接占用一定的资金，银行保函则可能需要支付额外的费用。
申请银行保函需要参考以下步骤：首先，确定所需保函的类型和金额，并选择合适的银行；其次，与银行商定相关条款和手续，并提供相关材料；第三，根据银行要求支付一定的保函费用；最后，等待银行审核和发放保函。申请银行保函的具体流程和要求会因银行和具体情况而有所不同，建议与银行进行详细的沟通和了解。
投标保证金和银行保函都是在招标投标过程中常见的担保手段。选择合适的保证方式需要根据实际情况进行综合考虑，包括风险控制、成本和操作便利性等方面。无论选择哪种方式，都应当遵守法律法规并确保诚信履约。
