合同违约扣除履约保函是指在合同中，当一方违约时，另一方可以向违约方索取违约金的制度。为了保证该违约金能够顺利支付，有时会要求违约方提供履约保函作为担保。
履约保函是一种保证金或保险单，由银行或保险公司开具。它确保了当一方不能按照合同规定履行义务时，另一方可以从保函中获得相应的赔偿或补偿，以弥补损失。
违约金的计算通常根据具体的合同条款，以及违约方的违约情况进行确定。一般来说，违约金的计算可以分为固定金额和比例两种方式，双方应当协商明确，并在合同中做出明确规定。
当发生违约情况时，受害方可以依据合同中的约定向违约方提出索赔要求，并要求扣除履约保函。违约方则需要向受害方提供相关的履约保函文件，确认履约保函的有效性，然后被扣除的金额将从保函中支付给受害方。
在使用履约保函时，双方需注意以下事项：
1. 履约保函应由银行或保险公司开具，确保其真实性和可靠性；
2. 履约保函的金额应与合同约定的违约金相符；
3. 履约保函应在有效期内，以确保索赔权益的得到保障；
4. 双方应明确履约保函的使用条件和赔偿额度等细节问题。
对于违约扣除履约保函引起的争议，双方应通过友好协商解决。如协商无果，则可以依据合同的争议解决条款，选择仲裁、诉讼等途径解决。同时，违约扣除履约保函的具体执行应符合国家相关法律法规的规定和要求。
合同违约扣除履约保函在商业合作中起到了保障权益的重要作用。合同双方应根据具体情况确定违约金金额和履约保函使用细节，并且在合同中明确约定，以免引起争议。此外，在履约保函的选择和使用过程中需要谨慎，确保其真实性和有效性，以保证各方的合法权益。
