银行保函是现代商业中极为常见的一种担保方式。在合同履行中，申请人可以通过银行开立保函，以达到增强合同信用的目的，从而获得合同另一方的信任。然而，银行开具保函需要支付手续费用，那么银行保函手续费应该进什么科目，如何正确地处理这笔费用呢？
根据会计原理，银行保函手续费应该分别分摊到各个与之相关的会计科目中去。具体来说，如果该保函的费用直接与业务收入有关，则应该按照成本费用的处理方法计入成本，同时计入当期的损益表中；如果费用与资产和负债有关，则应该计入相关的资产和负债科目中，同时影响当期的利润。
例如，如果银行保函是针对合同订立而发生的，则手续费应该按照所保函的合同金额计入成本费用中，并且在合同期限内按照时间分摊到每个期间内，计入当期的损益表中。而如果保函是用来保证履约保证金的，则保函手续费用应该作为以后的资产成本，列入到负债科目里，按照实际使用期限分摊到每个期间内，并在当期以前作为未分摊折旧计入当期的利润表。
当然，由于企业的经营活动具体情况不同，因此在具体的业务过程中还需要结合具体情况进行综合考虑和处理。例如，如果保函费用较低，对公司的经济影响不大，可以将其计入成本费用中；而如果保函费用较高，则需要将其以资产成本的方式计入负债科目中，并按照实际使用期限进行分摊，以减轻当期的经济负担。
综上所述，银行保函手续费的处理方法应该按照会计原则进行规范处理，根据保函业务特点和手续费用的额度，分别选择计入成本费用或资产负债科目中。同时，需要经过财务人员的综合判断和决策，确保会计处理的真实准确，达到规避风险和保护企业长期发展的目的。
