投标保函是指投标人（或中标单位）为了提供一定的担保，确保其参与招标活动及履约过程中能够按照合同的要求完成工作，并对未能履约给予相应的赔偿。投标保函通常由银行或保险公司开具，是投标过程中非常重要的文件。
投标保函的扣款方式通常会在合同中明确规定。根据国际惯例和经验，投标保函主要有两种扣款方式：
直接扣款是指在招标方确认投标人未能按照合同要求履约的情况下，通过委托银行或保险公司扣除投标保函金额。此方式需要投标人授权扣款，并提供相应的资金供扣款使用。
返还并扣除是指在招标方确认投标人未能按照合同要求履约后，将投标保函金额先返还给投标人，然后由投标人自行扣除相应的费用进行赔偿。此方式需要投标人在中标后主动履行扣款义务。
投标保函的操作流程通常如下：
投标人在招标文件要求提供投标保函的情况下，需要与银行或保险公司联系，并提交相应的申请材料。申请材料通常包括合同、资信证明、授权书等。
银行或保险公司会对投标人的资质进行审查，并根据审查结果开具相应的投标保函文件。投标人可以选择一次性支付或分期支付保函费用。
投标保函文件由银行或保险公司直接寄送给招标方，作为投标人参与招标活动的凭证。招标方收到保函后，会对其进行审核和存档。
根据合同约定以及投标保函的扣款方式，招标方确认投标人未能履约后，会根据程序和要求通过相关渠道进行扣款处理，确保招标方的权益得到保障。
