公司投标申请保函的一个明显坏处是增加了预付款的压力。当一家公司获得投标成功后，通常需要支付一定比例的预付款来开始履行合同。这个预付款通常是按照合同总价的一定比例确定的，而投标申请保函往往会增加预付款的金额。对于刚起步或者资金紧张的公司来说，承担更大的预付款压力可能会导致经营困境。
申请投标保函也可能会导致公司的信用评价下降。在投标过程中，银行往往会进行严格的审核，包括企业的信用记录、负债情况等。如果一个公司频繁申请投标保函，尤其是因为未能成功中标导致保函被执行，银行可能会认为该公司的资信不佳，从而降低信用额度，给公司的经营带来不利影响。
另一个投标申请保函的坏处是对公司的财务流动性有所限制。由于申请保函需要冻结一定额度的资金作为担保，这可能会造成公司在其他方面的资金周转受限。特别是对于小型企业来说，资金流动性的受限可能导致无法及时支付员工工资、采购原材料等问题。
投标申请保函还可能导致中小企业在竞争中受到排斥。相比于大型企业，中小企业通常在资金实力、信用评价等方面存在劣势。而申请投标保函需要承担更高的风险和责任，往往要求较好的信用记录和较高的可获得的资金额度。这会使得中小企业在投标过程中更加困难，失去了公平竞争的机会。
投标申请保函可能会对公司的现金流造成不利影响。除了预付款的压力外，保函本身也需要缴纳费用，并且费用一般较高。公司需要考虑这些额外的开支对现金流的影响，特别是对于盈利能力较低、运营不稳定的公司来说，这可能会增加财务风险。
最后，申请投标保函也会增加公司的业务成本。除了保函的费用外，整个申请过程需要涉及与银行的沟通、提供大量的财务资料等。这些额外的劳动和时间成本都会增加企业的运营支出，降低综合竞争力。
尽管投标申请保函有其必要性和优点，但我们也应清醒地认识到其中存在的坏处。公司在决定是否申请投标保函时，需要综合考虑自身的经营状况、资金实力和信誉评价等因素来做出明智的决策。
