工程质量保证金是指在建筑工程、水利工程等项目中，由承包商交纳给业主或相关部门的一定金额的保证金，以保障工程质量并遏制承包商违约行为的一种担保方式。而工程质量保证金保函则是一种由银行出具的担保函，以取代现金抵押的形式履行保证金的担保责任。
那么，工程质量保证金保函是由哪个部门出具的呢？
根据相关规定和实践经验，在中国，工程质量保证金保函主要由银行机构出具。特别是国有商业银行、股份制商业银行、城市商业银行、农村信用社等金融机构，都可以出具工程质量保证金保函，并以其在金融市场上稳健的声誉为依托，为承包商提供细致完善、落实可行的担保服务。
需要提醒的是，银行机构在出具工程质量保证金保函时，要求承包商提供足够的担保物或者提供现金等有效形式的担保。这是规避银行风险的重要举措，同时也保障了金融机构的利益。此外，银行机构在出具保函时，也需要对承包商进行严格审查，确保其具备相应条件和能力承担工程质量保证金的责任。
对于工程质量保证金保函的申请和出具，应当按照相关规定和程序进行。申请者应当准备好相关材料，如申请书、经营财务状况证明、银行授信证明、担保品证明等，并根据规定向银行机构支付一定的保证金费用。银行机构在审核后，确认承包商符合要求后，就可以出具工程质量保证金保函，作为承包商参与工程竞标和承接相关项目的重要担保凭证。
总之，工程质量保证金保函是一种非常重要的担保方式，为承包商和业主提供了重要的保障和信心。银行机构在出具该类保函时，应当以风险控制和严格审核为前提，并遵守相关规定和标准。
