工程保函在使用过程中存在一些限制因素。
有效期的限制：
工程履约保函：其有效期一般会在合同中约定，合同上约定的有效期截至日应为工程合同要求的竣工验收合格之后的一个月到半年，并会在保函中声明此确切日期。例如向银行申请办理的银行保函的话，履约保函格式里一般都会有截止日期，最宽松的要求就是有效期是在收到竣工验收合格报告七日内有效，但最迟不能超过某年某月某日此确切日期，都会按银行的要求闭口。
其他保函类型：如投标保函，在招标文件一般会规定投标保函的有效期限需在投标截止期后，或是截止期后的30天内保持有效。如果保函超过有效期，保函的效力就会丧失，相关方不能再依据保函进行索赔或要求履行担保责任。
金额的限制：
不同保函类型：不同类型的保函有不同的金额限制。例如，投标保函的金额不得超过招标项目估算价的2%，最高不超过80万元；履约保证金不得超过中标合同金额的10%；工程质量保证金预留比例由发承包双方在施工合同中自行约定，但保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。这些金额限制是为了在保障各方利益的同时，避免过度担保给施工单位或其他相关方带来过大的资金压力。
实际操作中的调整：在实际操作中，保函金额可能会根据项目的具体情况进行调整。例如，对于一些风险较高的项目，业主可能会要求提高保函金额；而对于信誉良好的施工单位，在协商一致的情况下，可能会适当降低保函金额。
地域政策的差异：
不同地区的规定：各地对于保函使用的政策存在差异。可以分为三类：第一类是仅仅鼓励使用保函，但并未强制规定使用，在法规内体现为可以保函形式缴纳、鼓励采用保函替代现金等；第二类是没有强制一定要使用保函，但是把是否使用保函选择的权利赋予了施工人（承包人），在法规内体现为承包人有权选定、不得排斥、限制或拒绝接受保函等；第三类是明确强制使用保函，不得以现金方式缴纳保证金，在法规内体现为一律要求使用工程保函、不得使用现金缴纳等。例如，甘肃属于强制使用保函的地区，而河北、内蒙等地属于不强制使用保函的地区。
