预付款保函和付款保函在国际贸易中是两种常见的支付保函形式，它们虽然都是保函，但是在应用和效果上有很大的区别。
首先，预付款保函是指买方在货款支付之前向卖方的银行发出的保函，保证在特定时间内向卖方支付预付定金，在交易失败时，卖方可以向银行索取保证金。而付款保函是指买方已经与卖方签订了补充协议，具体约定了货款支付的时间点，买方不按照协议履行义务时，卖方可以向买方指定的银行索取保证金。
因此，在效果上，预付款保函主要保护的是卖方的利益，保证卖方在交易过程中得到一定的保障，防止买方不履行合同义务。而付款保函则更多地保护的是买方的利益，确保卖方在按照合同规定完成交货后才能收到货款，防止卖方在交货之前中途退出或者质量不达标的情况下要索取货款。
其次，两种保函的使用范围也不同。预付款保函一般应用于新客户、新供应商、订单量大或者产品价格高的交易中，以确保交易安全可靠；而付款保函则更多地应用于长期合作、信任度高、交易频繁的客户之间的交易中。
最后，两种保函的申请和操作规则也各有不同。预付款保函一般需要卖方提供销售合同、货物清单、发票等相关文件以表明交易的合法性和真实性，同时需要买卖双方的银行提供授权书和开户许可证等相关文件。付款保函则一般需要买卖双方签订补充协议，并由买方提供银行授权书，卖方则需要提供交货证明、发票等相关文件。
总的来说，预付款保函和付款保函都是为了保护买卖双方的合法权益而采取的一种付款方式。尽管它们有所不同，但在具体操作中需要根据交易的实际情况和双方的需求进行制定。
