工程款履约保函手续费的计算方式取决于各个保函机构的规定和政策。一般来说，工程款履约保函是指施工单位在承揽工程过程中为了保证工程质量、工期和款项支付等风险而向银行或保险公司垫付相应款项的一种担保形式。而工程款履约保函手续费是保证金的一部分，由施工单位支付给保函机构的一项费用。
首先，保函机构会根据工程合同金额、施工单位信用状况、保函期限等因素来确定保函的费率。一般来说，保函费率通常是按照合同金额的一定比例收取，比例通常为0.5%到2%之间。以工程合同金额为1,000,000元为例，假设保函费率为1%，那么保函的手续费就是1,000,000元 * 1% = 10,000元。
此外，有些保函机构可能还会根据施工单位的信用状况进行测算，比如根据施工单位的信用评级或信用记录来确定费率。信用评级较高的施工单位可能会获得较低的费率，而信用评级较低的施工单位则可能会面临较高的费率。
另外，保函的期限也会对手续费的计算有影响。一般来说，保函的期限越长，手续费也会相应增加。这是因为较长期限的保函意味着保函机构需要为施工单位承担更长时间的风险，因此手续费也会相应提高。
此外，还需要注意的是一些保函机构可能还会收取其他的费用，如保函开立费、保函延期费等。这些费用的具体计算方式和标准需要根据不同的保函机构来确定。
综上所述，工程款履约保函手续费的计算方式是根据保函机构的具体规定和政策来确定的。一般而言，费率是根据合同金额的比例来计算，并根据施工单位的信用状况和保函期限来做相应的调整。同时，还需要注意其他可能的费用，如开立费和延期费等。施工单位在选择保函机构时应该综合考虑这些因素，选择最优惠的方案。
